Kecamatan Margomulyo adalah wilayah kerja Camat Margomulyo sebagai perangkat wilayah di kecamatan. Sebagaimana tertuang dalam Peraturan Bupati Nomor 16 Tahun 2023 tentang tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Uraian Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Kecamatan dan Kelurahan Kabupaten Bojonegoro. Kecamatan merupakan perangkat daerah sebagai pelaksana teknis kewilayahan yang mempunyai wilayah kerja tertentu, dipimpin oleh Camat yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah. Kecamatan dibentuk dalam rangka meningkatkan koordinasi penyelenggaraan pemerintahan, pelayanan publik, dan pemberdayaan masyarakat desa dan kelurahan serta melaksanakan tugas yang dilimpahkan oleh Bupati untuk melaksanakan sebagian urusan pemerintahan yang menjadi kewenangan daerah.